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目的通过反转录聚合酶链反应（RT—PCR）扩增肠道病毒71型（EV71）VP1节段核苷酸序列，进行EV71广西株种系进化分析。方法采集病例的心包液、疱疹液和呼吸道分泌物，用RT—PER进行鉴定和扩增VP1区序列，并对VP1区全基因序列进行测定，同源性分析和构建系统发生树。结果将病例的心包液、疱疹液和呼吸道分泌物同时扩增到特异片段，测序证实为EV71。广西株与安徽阜阳的分离株同源性最高，大于99％，没有发生核苷酸插入和缺失；在系统发生树上，广西株处于C基因型c4亚型分支上。结论肠道病毒71型广西株VPl区基