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目的了解淮南市手足口病EV71型病毒分离株VP1基因遗传特征及进化关系。方法使用RD细胞对EV71型荧光PCR阳性标本进行病毒分离,盲传2代接种出现CPE后,收集培养物上清,提取病毒RNA,RT-PCR扩增VP1基因,对扩增产物进行基因序列测定,采用DNAStar 7.1和Mega 5.0软件对测序结果与国内外参考毒株进行基因亲缘性进化分析。结果 7株毒株基因测序显示VP1区核苷酸长度均为891 nt,其核苷酸同源性为93.5%~100%,氨基酸同源性为98.3%~100%;基因进化分析显示,与安徽阜阳、山东、河南EV71型毒株亲缘性较近,处于同一进化C4a分支。结论淮南市分离到的7株EV71型病毒VP1区基因核苷酸和氨基酸序列变异较小,与阜阳、山东、河南流行的C4a亚型存在共循环流行。