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先进技术的成功应用，使得科学家揭开的动物迁徙的谜题越来越多，揭开谜题的时间越来越快。但是，一个阴影始终笼罩在科学家的头上挥之不去——许多迁徙动物，从鸣禽到鲨鱼都呈急剧下降之势，某些动物如海龟等甚至已经到了濒临灭绝的境地。造成这种窘况的主要原因是栖息地遭到破坏，以及道路、大坝、栅栏、捕鱼设备和高层建筑等人造障碍阻碍了动物的迁徙路线。最新威胁(可能也是潜在的最大威胁)则是气候变暖，气候变暖可能会瓦解某些动物的迁徙循环。就像普林斯顿大学生物学家大卫·威尔考夫在其新著《无路回家》一书中所指出的那样：“动物迁徙现象正在悄悄地消失，而我们正进入研究这一现象的一个重要时期。”
人造障碍
目前，生态系统的确亟需保护。世界上几乎所有迁徙动物的栖息地都在遭受乱砍滥伐、耕地开垦、过度捕捞和人口膨胀的严重威胁。人造障碍严重阻碍了动物的迁徙旅程。水坝阻碍了鱼类的洄游线路，大型舰船撞死了鲸鱼，摩天大楼杀死了鸟儿，栅栏阻挡了鹿、叉角羚、加拿大盘羊的迁徙路线。由于连接城市与乡村的公路网越建越多，越建越密，让迁徙动物面临的危险呈几何级数增加。
在各种人造障碍中，公路对野生动物迁徙带来的危害最大，以美国佛罗里达州为例。从1980年到2000年的20年间，佛罗里达州的人口由970万增长到1600万，几乎翻了一番。人口膨胀带来了城市的扩张，公路网越来越密，车辆越来越多。据佛罗里达交通部门统计，在过去的50年里，高速公路的长度以每天7.2千米的平均速度增长，死于车轮下的鹿、羚羊和盘羊难以计数。生活在那里的美洲狮是世界上最为濒危的野生动物之一，截至2008年已有20只被撞死，6只受重伤。2001年是最为灾难性的一年，仅在三个月内就有7只美洲狮被撞死在高速公路上，相当于2000年全年的死亡总数。对于现在仅存的80头美洲狮来说，每一个体的死亡都意味着这种世界上最濒危的动物离灭绝又近了一步。佛罗里达黑熊是当地另一种具有地方特色的野生动物，它们的命运同样令人堪忧。从1976年到2002年，已有800多只死于交通事故，其中仅在2001年和2002年的两年里就有234只被撞死，占死亡总数的30％。
处于灭绝边缘的不独美洲狮，还有生活在黄石生态区的叉角羚。随着各种人造障碍越建越多，美国西部大部分动物的迁徙通道几近消失。由于在叉角羚的夏季和冬季栖息地之间只有一条通道可走，6000多年以来，这种动物一直在现在的怀俄明州上绿河流域与大蒂顿山国家公园之间进行季节性往返迁徙。虽然现在仍有400余只叉角羚往返于这条长约480千米的路线上，但它们必须穿越数条公路，以及住宅区、钻井台和100多道栅栏。如果不对人造工程加以限制，放任更多的障碍物出现在这条通道上，尤其是几个关键的瓶颈处，那么，这种在美洲大陆上迁徙历史最长的哺乳动物就将走向死亡。
修建公路还造成了生态环境的破碎化，迫使野生动物被动迁移。以虎纹蛙为例，这种两栖动物以水质良好的河流作为其主要栖息地。如果在施工过程中在河道附近堆放物料，或者将河道附近区域作为施工场地，必然会影响河流水质，从而导致虎纹蛙被动迁移。生境的破碎化必然引起野生动物对生态环境重新进行选择，如果找不到适宜的生境，将严重影响动物的种群数量，进而降低种群的生存能力。如果生态环境的破坏将动物种群减少到了某一个极限值，随机性灭绝就不可避免。
修建大坝是人类活动导致生态系统恶化的又一个现实例子。建设大坝的确具有控制洪水、储水和发电等好处，但同时也会带来巨大的生态灾难：大坝阻碍了水生动物的运动和迁徙路线，将一些水生动物吸入涡轮机内；大坝改变了流向下游的水量和泛洪起始时间，妨碍了那些依赖季节性洪期生育的鱼类、青蛙和水鸟的生育迁徙循环……
在过去的50年里，全世界每天平均修建两座大型水坝，目前有4.5万多座水坝的高度超过了15米。栖息于河流中的物种与其他淡水系统的物种一样，都依赖于自然洪水循环获取营养物质，迁向或迁出产卵地。比如，湄公河流域超过90％的鱼类不是在河里产卵，而是在季节性湖泊或周期性淹没的森林和水田里产卵。大型河流的循环模式已被大坝和其他工程改变，因此严重地妨碍了生活在这些河流中的动物的生殖迁徙循环。除了修建大坝外，大型河流沿岸国家为了改善航运条件还在破坏或改变急流等自然特征，这些变化都将扰乱至关重要的鱼类栖息地。
新的威胁：全球变暖
全球气候变化作为近几十年来出现的一种新威胁，或许会成为对动物迁徙循环最大的一种威胁。世界自然基金会于2006年11月14日公布的一份报告显示，鸟类迁徙正受到日益严重的气候变化的影响，一些鸟类已无法完成迁徙活动。报告总结了全球各大洲以鸟类为主题的200多篇学术文章，其中许多科学证据都表明气候变化正在影响鸟类的行为。越来越多的鸟类无法适应所处生态系统的发展变化，其中海鸟和候鸟是对气候变化最敏感的群体。气候变化使一些鸟类被迫改变迁徙时间和路线，甚至无法完成迁徙活动。更严重的是，全球变暖使许多鸟类面临灭绝危险。自1970年以来，美国马萨诸塞州东部沿岸气温升高了1.5℃，导致许多地方的树木提前发芽，以树叶为食的毛虫和甲虫早早地出现，结果许多鸣鸟为适应这一变化不得不提前从越冬地启程。
科学家通过分析有关数据资料发现，与38年前相比，32种动物中有8种在春季迁往北方的时间提前了。对于那些在美国南部越冬的鸟儿如沼泽麻雀，这无疑是个好消息，但对于那些远在南美洲越冬的鸟儿如大冠鹟，则是件坏事情，因为它们始终没有改变迁徙行程。这些鸟儿面临着双重压力。首先，热带地区的气温不像温带地区上升得那么快；其次，这些鸟儿的越冬地远离北方，与栖居在美国北卡罗来纳州越冬的鸟儿不同，它们接收不到马萨诸塞州春季提前到来的环境变化信号。科学家认为，迁徙距离远的鸟儿由于无法适应北方春季提前到来的变化，其种群数量已出现明显下降。再如生活在欧洲的斑姬。每年春天，这种候鸟都要从非洲飞行数千千米来到欧洲，在那里繁衍下一代。2001年，荷兰科学家发现，斑姬的繁殖遇到了麻烦，由于它们到达欧洲的时间太晚，以至于没有足够的时间哺育幼鸟。科学家通过称量鸟类的排泄物研究到底有多少昆虫幼虫可供候鸟食用，结果发现，作为对春季提前到来的响应，幼虫将它们的繁殖高峰时间提前了16天，而斑姬的繁殖时间仅仅比正常情况提前了一周，它们的幼鸟因此失去了许多美味的食物。研究人员在过去20年里跟踪了9个斑姬种群，他们发现，能够与“春天的脚步”保持一致的斑姬种群的数量下降了10％，而那些完全“误点”的斑姬种群的数量却惊人地下降了90％。
全球变暖还导致海洋温度升高，而海洋温度变化又促使风的循环模式发生改变，从而 导致风暴潮出现得更加频繁，给所有飞行迁徙动物带来了更大的生存压力。海水温度升高促使浮游动物和磷虾向两极靠拢，破坏了动物的食物链，使得鲸鱼和其他动物要么挨饿，要么被迫进行更长距离的迁徙运动以寻找食源。另外，海平面升高，哪怕是略微升高，也会淹没许许多多环状珊瑚岛，从而危及许多海洋动物的栖息地。
保护通道
约翰·比瑟耐特是美国地质勘测学院的一位生态学家，他在研究了阻碍动物迁徙的各种人造障碍后指出：“我们看不到汽车的数量和速度将会有任何下降趋势，然而，我们又无法改变动物的迁徙行为。因此，为动物建设一条穿越通道或许是一个不错的选择。”在他的建议和游说下，美国土地管理局、犹他州运输部门和野生动植物资源部共同出资启动了一项动物引航工程，他们沿着长约40千米的公路修建了数条地下涵道，为迁徙动物提供迁徙通路。他们还独出心裁地发明了一种便于动物穿行的通行逃避坡道。此后，鹿车相撞事故下降了95％。
加拿大著名的横加高速公路从加拿大班夫国家公园穿过，每天往返的车辆达到14000多辆，每年死于非命的野生动物不计其数，这条公路也因此被人们戏称为“吃肉的公路”。近年来，加拿大政府加强了对野生动物的保护力度，随着公路的改造和拓宽，在公路上加设了24处野生动物通道，从长达数十千米的桥梁到只有几十厘米的管道，为公园内大小动物提供了生命保障和交流的机会，使每年发生的“动物交通事故”减少了近80％。在持续6年的监测中，已经记录到有70头灰熊、637头黑熊、710头美洲豹、2899只狼、2801只豺、22173只麋鹿、12156只鹿和20107只羚羊成功穿越通道。
1994年，佛罗里达鱼类及野生动物保护委员会在该州的46号公路上建立了第一条“黑熊通道”，主要采取下通道形式，将公路架高，给动物提供一个明亮清晰的视野，以减少动物对黑暗狭窄通道的畏惧心理。人们在公路的一侧种植了成排的松树，以引导黑熊走入通道。为确保黑熊顺利通过，人们还在黑熊迁移的主要路线两侧购买了16公顷的土地进行观察和保护。在通道建成后的观测中发现，至少有12种野生动物从中获益。
在南佛罗里达，也陆续建成了24座美洲狮通道。设计者通过无线电信号跟踪定位，确定建立通道的最佳位置，还在公路两旁架起了高达3米的防护网，以防止动物穿越繁忙的公路。
华盛顿鱼类与野生动物部门还为鱼儿建设了穿越通道，并在2000年编写了一部鱼类通道设计手册。许多人可能认为，与哺乳动物相比，鱼类行为简单。然而，有关研究表明，鱼类实际上相当复杂，不同的鱼有不同的个性和不同的喜好，因此鱼类通道的设计必须考虑鱼的不同习性，所涉及的问题丝毫不亚于大型野生动物。人们在设计通道时，充分考虑鱼的个体大小，所适应的水流速度，通道的形状，水流的大小，以及鱼的习性和生物学特性等，针对不同种类的鱼订造不同的通道。有的使用涵管、桥洞，有的设计成阶梯式，有的在水底铺设卵石，有的甚至做成小瀑布形式。设计样式可谓五花八门。
藏羚羊生活在中国的西藏地区。由于修建青藏铁路，部分藏羚羊的迁徙路线被阻断，主要区段是昆仑山－开心岭段——每年有2300～2900只藏羚羊经由这里往返于可可西里和三江源保护区。为了让藏羚羊的迁徙通道保持畅通，铁路建设部门和动物保护部门在这一区段修建了很多高架桥，其中长度超过100米的大、中桥就有143座，桥梁累计长度达46千米，此外还有一些可供通过的小桥。青藏铁路建成通车后，有关部门对藏羚羊的迁徙活动所进行的跟踪监测结果表明，尽管在青藏铁路建设阶段藏羚羊的迁徙行为受到一定程度的干扰，但它们很快就适应了局部环境变化，调整了迁徙路线。以2006年为例，人们共观测到2952只藏羚羊回迁，其中98.17％的藏羚羊从野生动物通道中穿过，说明藏羚羊已适应了青藏铁路的野生动物通道。
人造障碍
目前，生态系统的确亟需保护。世界上几乎所有迁徙动物的栖息地都在遭受乱砍滥伐、耕地开垦、过度捕捞和人口膨胀的严重威胁。人造障碍严重阻碍了动物的迁徙旅程。水坝阻碍了鱼类的洄游线路，大型舰船撞死了鲸鱼，摩天大楼杀死了鸟儿，栅栏阻挡了鹿、叉角羚、加拿大盘羊的迁徙路线。由于连接城市与乡村的公路网越建越多，越建越密，让迁徙动物面临的危险呈几何级数增加。
在各种人造障碍中，公路对野生动物迁徙带来的危害最大，以美国佛罗里达州为例。从1980年到2000年的20年间，佛罗里达州的人口由970万增长到1600万，几乎翻了一番。人口膨胀带来了城市的扩张，公路网越来越密，车辆越来越多。据佛罗里达交通部门统计，在过去的50年里，高速公路的长度以每天7.2千米的平均速度增长，死于车轮下的鹿、羚羊和盘羊难以计数。生活在那里的美洲狮是世界上最为濒危的野生动物之一，截至2008年已有20只被撞死，6只受重伤。2001年是最为灾难性的一年，仅在三个月内就有7只美洲狮被撞死在高速公路上，相当于2000年全年的死亡总数。对于现在仅存的80头美洲狮来说，每一个体的死亡都意味着这种世界上最濒危的动物离灭绝又近了一步。佛罗里达黑熊是当地另一种具有地方特色的野生动物，它们的命运同样令人堪忧。从1976年到2002年，已有800多只死于交通事故，其中仅在2001年和2002年的两年里就有234只被撞死，占死亡总数的30％。
处于灭绝边缘的不独美洲狮，还有生活在黄石生态区的叉角羚。随着各种人造障碍越建越多，美国西部大部分动物的迁徙通道几近消失。由于在叉角羚的夏季和冬季栖息地之间只有一条通道可走，6000多年以来，这种动物一直在现在的怀俄明州上绿河流域与大蒂顿山国家公园之间进行季节性往返迁徙。虽然现在仍有400余只叉角羚往返于这条长约480千米的路线上，但它们必须穿越数条公路，以及住宅区、钻井台和100多道栅栏。如果不对人造工程加以限制，放任更多的障碍物出现在这条通道上，尤其是几个关键的瓶颈处，那么，这种在美洲大陆上迁徙历史最长的哺乳动物就将走向死亡。
修建公路还造成了生态环境的破碎化，迫使野生动物被动迁移。以虎纹蛙为例，这种两栖动物以水质良好的河流作为其主要栖息地。如果在施工过程中在河道附近堆放物料，或者将河道附近区域作为施工场地，必然会影响河流水质，从而导致虎纹蛙被动迁移。生境的破碎化必然引起野生动物对生态环境重新进行选择，如果找不到适宜的生境，将严重影响动物的种群数量，进而降低种群的生存能力。如果生态环境的破坏将动物种群减少到了某一个极限值，随机性灭绝就不可避免。
修建大坝是人类活动导致生态系统恶化的又一个现实例子。建设大坝的确具有控制洪水、储水和发电等好处，但同时也会带来巨大的生态灾难：大坝阻碍了水生动物的运动和迁徙路线，将一些水生动物吸入涡轮机内；大坝改变了流向下游的水量和泛洪起始时间，妨碍了那些依赖季节性洪期生育的鱼类、青蛙和水鸟的生育迁徙循环……
在过去的50年里，全世界每天平均修建两座大型水坝，目前有4.5万多座水坝的高度超过了15米。栖息于河流中的物种与其他淡水系统的物种一样，都依赖于自然洪水循环获取营养物质，迁向或迁出产卵地。比如，湄公河流域超过90％的鱼类不是在河里产卵，而是在季节性湖泊或周期性淹没的森林和水田里产卵。大型河流的循环模式已被大坝和其他工程改变，因此严重地妨碍了生活在这些河流中的动物的生殖迁徙循环。除了修建大坝外，大型河流沿岸国家为了改善航运条件还在破坏或改变急流等自然特征，这些变化都将扰乱至关重要的鱼类栖息地。
新的威胁：全球变暖
全球气候变化作为近几十年来出现的一种新威胁，或许会成为对动物迁徙循环最大的一种威胁。世界自然基金会于2006年11月14日公布的一份报告显示，鸟类迁徙正受到日益严重的气候变化的影响，一些鸟类已无法完成迁徙活动。报告总结了全球各大洲以鸟类为主题的200多篇学术文章，其中许多科学证据都表明气候变化正在影响鸟类的行为。越来越多的鸟类无法适应所处生态系统的发展变化，其中海鸟和候鸟是对气候变化最敏感的群体。气候变化使一些鸟类被迫改变迁徙时间和路线，甚至无法完成迁徙活动。更严重的是，全球变暖使许多鸟类面临灭绝危险。自1970年以来，美国马萨诸塞州东部沿岸气温升高了1.5℃，导致许多地方的树木提前发芽，以树叶为食的毛虫和甲虫早早地出现，结果许多鸣鸟为适应这一变化不得不提前从越冬地启程。
科学家通过分析有关数据资料发现，与38年前相比，32种动物中有8种在春季迁往北方的时间提前了。对于那些在美国南部越冬的鸟儿如沼泽麻雀，这无疑是个好消息，但对于那些远在南美洲越冬的鸟儿如大冠鹟，则是件坏事情，因为它们始终没有改变迁徙行程。这些鸟儿面临着双重压力。首先，热带地区的气温不像温带地区上升得那么快；其次，这些鸟儿的越冬地远离北方，与栖居在美国北卡罗来纳州越冬的鸟儿不同，它们接收不到马萨诸塞州春季提前到来的环境变化信号。科学家认为，迁徙距离远的鸟儿由于无法适应北方春季提前到来的变化，其种群数量已出现明显下降。再如生活在欧洲的斑姬。每年春天，这种候鸟都要从非洲飞行数千千米来到欧洲，在那里繁衍下一代。2001年，荷兰科学家发现，斑姬的繁殖遇到了麻烦，由于它们到达欧洲的时间太晚，以至于没有足够的时间哺育幼鸟。科学家通过称量鸟类的排泄物研究到底有多少昆虫幼虫可供候鸟食用，结果发现，作为对春季提前到来的响应，幼虫将它们的繁殖高峰时间提前了16天，而斑姬的繁殖时间仅仅比正常情况提前了一周，它们的幼鸟因此失去了许多美味的食物。研究人员在过去20年里跟踪了9个斑姬种群，他们发现，能够与“春天的脚步”保持一致的斑姬种群的数量下降了10％，而那些完全“误点”的斑姬种群的数量却惊人地下降了90％。
全球变暖还导致海洋温度升高，而海洋温度变化又促使风的循环模式发生改变，从而 导致风暴潮出现得更加频繁，给所有飞行迁徙动物带来了更大的生存压力。海水温度升高促使浮游动物和磷虾向两极靠拢，破坏了动物的食物链，使得鲸鱼和其他动物要么挨饿，要么被迫进行更长距离的迁徙运动以寻找食源。另外，海平面升高，哪怕是略微升高，也会淹没许许多多环状珊瑚岛，从而危及许多海洋动物的栖息地。
保护通道
约翰·比瑟耐特是美国地质勘测学院的一位生态学家，他在研究了阻碍动物迁徙的各种人造障碍后指出：“我们看不到汽车的数量和速度将会有任何下降趋势，然而，我们又无法改变动物的迁徙行为。因此，为动物建设一条穿越通道或许是一个不错的选择。”在他的建议和游说下，美国土地管理局、犹他州运输部门和野生动植物资源部共同出资启动了一项动物引航工程，他们沿着长约40千米的公路修建了数条地下涵道，为迁徙动物提供迁徙通路。他们还独出心裁地发明了一种便于动物穿行的通行逃避坡道。此后，鹿车相撞事故下降了95％。
加拿大著名的横加高速公路从加拿大班夫国家公园穿过，每天往返的车辆达到14000多辆，每年死于非命的野生动物不计其数，这条公路也因此被人们戏称为“吃肉的公路”。近年来，加拿大政府加强了对野生动物的保护力度，随着公路的改造和拓宽，在公路上加设了24处野生动物通道，从长达数十千米的桥梁到只有几十厘米的管道，为公园内大小动物提供了生命保障和交流的机会，使每年发生的“动物交通事故”减少了近80％。在持续6年的监测中，已经记录到有70头灰熊、637头黑熊、710头美洲豹、2899只狼、2801只豺、22173只麋鹿、12156只鹿和20107只羚羊成功穿越通道。
1994年，佛罗里达鱼类及野生动物保护委员会在该州的46号公路上建立了第一条“黑熊通道”，主要采取下通道形式，将公路架高，给动物提供一个明亮清晰的视野，以减少动物对黑暗狭窄通道的畏惧心理。人们在公路的一侧种植了成排的松树，以引导黑熊走入通道。为确保黑熊顺利通过，人们还在黑熊迁移的主要路线两侧购买了16公顷的土地进行观察和保护。在通道建成后的观测中发现，至少有12种野生动物从中获益。
在南佛罗里达，也陆续建成了24座美洲狮通道。设计者通过无线电信号跟踪定位，确定建立通道的最佳位置，还在公路两旁架起了高达3米的防护网，以防止动物穿越繁忙的公路。
华盛顿鱼类与野生动物部门还为鱼儿建设了穿越通道，并在2000年编写了一部鱼类通道设计手册。许多人可能认为，与哺乳动物相比，鱼类行为简单。然而，有关研究表明，鱼类实际上相当复杂，不同的鱼有不同的个性和不同的喜好，因此鱼类通道的设计必须考虑鱼的不同习性，所涉及的问题丝毫不亚于大型野生动物。人们在设计通道时，充分考虑鱼的个体大小，所适应的水流速度，通道的形状，水流的大小，以及鱼的习性和生物学特性等，针对不同种类的鱼订造不同的通道。有的使用涵管、桥洞，有的设计成阶梯式，有的在水底铺设卵石，有的甚至做成小瀑布形式。设计样式可谓五花八门。
藏羚羊生活在中国的西藏地区。由于修建青藏铁路，部分藏羚羊的迁徙路线被阻断，主要区段是昆仑山－开心岭段——每年有2300～2900只藏羚羊经由这里往返于可可西里和三江源保护区。为了让藏羚羊的迁徙通道保持畅通，铁路建设部门和动物保护部门在这一区段修建了很多高架桥，其中长度超过100米的大、中桥就有143座，桥梁累计长度达46千米，此外还有一些可供通过的小桥。青藏铁路建成通车后，有关部门对藏羚羊的迁徙活动所进行的跟踪监测结果表明，尽管在青藏铁路建设阶段藏羚羊的迁徙行为受到一定程度的干扰，但它们很快就适应了局部环境变化，调整了迁徙路线。以2006年为例，人们共观测到2952只藏羚羊回迁，其中98.17％的藏羚羊从野生动物通道中穿过，说明藏羚羊已适应了青藏铁路的野生动物通道。