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婴幼儿血管瘤的组织发生仍存在争议。近年来对与该病相关的血管形成生长因子、单克隆生长、免疫表型、内皮祖细胞、基因缺陷等多方面进行了较深入的研究。认为可能的发病机制是调控细胞增殖及分化的基因区发生突变的内皮祖细胞过度分泌血管形成因子，造成局部微环境血管形成／抑制的失衡，内皮细胞迅速增殖而形成婴幼儿血管瘤。