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1. 导致水稻种子发芽率低的原因
1.1 高温高湿气候导致穗上发芽 一般来讲，成熟度越高的种子其发芽率越高（也有少数例外）。充实饱满的种子从授粉到成熟一般需25天时间。水稻种子发芽的最低温度为10℃～15℃，最适宜温度为30℃～35℃。由于同一植株上甚至同一穗上的种子在植株上着生的部位不同，而导致开花成熟有先有后，凡是充分成熟的种子休眠较浅容易发芽，而未充分成熟的种子休眠较深，往往不易发芽。雨水多，早稻成熟时温度很高，很适宜种子发芽；而晚稻成熟时正值秋末冬初季节气温较高，遇到阴雨连绵的天气就会在田间萌发。有些品种，特别是易倒伏的品种很容易穗上发芽或萌动。
1.2种子收获过早、过晚 由于水稻种子无明显的休眠期，收获过早的种子没有完全成熟，在未充分干燥的情况下仍然要进行旺盛的呼吸作用，消耗营养，从而使发芽率明显下降。种子收获过晚，一方面，若遇田间高温高湿气候，很容易使种子萌动生芽，导致发芽率降低；另一方面，种子水分高，没及时降水使种子衰老加快，发芽率下降，而且收获过晚错过最佳晾晒时期，在晾晒期易霉变，也会影响发芽率。
1.3种子收获后薄摊、翻晒不及时 繁育单位繁种数量大，由于受晒场、仓库等条件限制，又缺乏必要的烘干设备，加上水稻收获季节雨水较多，种子收获后没有及时薄摊、翻晒就入库，而此时的种子含水量普通较高导致谷堆闷种，谷壳发黑、发霉。此外，高温下在水泥质地晒场暴晒又不及时翻动，也会严重影响种子发芽率。
1.4机械损伤 有些种子谷壳薄或种子饱满后开裂，在收割脱落、精选加工时易脱壳成糙米。由于去掉了保护层，这些糙米一般难以发芽，即使能发芽也难以成苗（在秧田易烂掉）。
1.5种子入库时含水量偏高 由于把关不严，种子入库前未晒干或保管不善，种子在贮藏过程中容易受潮，使种子含水量明显高于质量标准（早稻13.5%、晚粳14.5%）。此时种子呼吸旺盛，一方面放出水汽，水汽放出后又重新被种子吸收，使种子变得更加潮湿；另一方面放出呼吸热，积聚在种子堆里，使种温逐渐升高，呼吸作用加强，造成种子局部发霉、生虫、发热、出汗、结露等现象，这是种子发芽率降低的主要原因。
1.6病虫害影响 若病虫为害严重，防治措施不及时，损伤了功能叶或运输通道，其相应的功能降低或丧失，就会致使种子胚发育受阻，胚乳贮存的营养不足，种子的饱满度不够，生活力低，即使能够发芽也柔弱多病，很难成苗。
2.提高水稻种子发芽率的措施
2.1选好品种，严把播种期 淘汰陈化率高的品种，尽量选择穗上不易发芽、抗倒伏、抗病虫害的品种。在栽培管理上，注意选用对口农药防治病虫；参照当地的气候条件适时播种，趋利避害，把种子灌浆成熟期安排在相对适宜的时期，保证种子充分成熟，提高种子成熟度。
2.2控制穗肥用量 增施多施穗肥，有利于提高千粒重，使籽粒饱满，发芽率高。但是，对于易开裂脱壳的品种应适当控制穗肥，以防谷壳开裂，在脱粒、翻晒、精选加工过程中脱壳成糙米。
2.3 添置烘干设备 雨水多的年份，必须添置必要的烘干设备，防患于未然。
2.4适时收获、晒干 一般水稻种子收获应掌握在黄熟期的后期，此时植株叶片大部分转黄色，仅上部还保持绿色，籽粒呈现品种固有的颜色，种子的内含物像蜡一样，稃壳呈现原品种固有颜色，此时水稻的干物质积累达到最大限度，水分最低。同时，要注意收听当地天气预报，遇不良天气要抢晴收割，并及时晒干。若繁育数量较多，面积较大，应使用烘干设备，以防湿种子堆积发热，造成芽谷。晴天要注意晒场的温度，及时翻晒，以防晒场过热直接影响种子活力。
2.5种子精选、安全贮藏 种子入库前必须测定含水量，然后进行精选加工处理，剔除瘪粒、破损粒、杂质及部分黑粉病粒，保证种子有较强的生命力和较高的潜在发芽率。入库后要及时进行密闭熏蒸，彻底清除病虫源。
2.6强化贮藏管理 水稻种子的贮藏保管环境对其发芽率有直接影响，保持低温、干燥、无虫害、无鼠害的环境是种子贮藏的总体原则。因此，种子在贮藏期间，种子的含水量应控制在13%以内，种温在20℃以下，并定期检查种温、水分、发芽率及虫害，发现异常情况及时采取补救措施，确保种子安全。
2.7科学浸种催芽 播前晒种，药剂浸种。根据气温变化控制好浸种时间，尽量选用麻织袋浸种催芽，按照“干长根，湿长芽”要求掌握湿度和温度。
1.1 高温高湿气候导致穗上发芽 一般来讲，成熟度越高的种子其发芽率越高（也有少数例外）。充实饱满的种子从授粉到成熟一般需25天时间。水稻种子发芽的最低温度为10℃～15℃，最适宜温度为30℃～35℃。由于同一植株上甚至同一穗上的种子在植株上着生的部位不同，而导致开花成熟有先有后，凡是充分成熟的种子休眠较浅容易发芽，而未充分成熟的种子休眠较深，往往不易发芽。雨水多，早稻成熟时温度很高，很适宜种子发芽；而晚稻成熟时正值秋末冬初季节气温较高，遇到阴雨连绵的天气就会在田间萌发。有些品种，特别是易倒伏的品种很容易穗上发芽或萌动。
1.2种子收获过早、过晚 由于水稻种子无明显的休眠期，收获过早的种子没有完全成熟，在未充分干燥的情况下仍然要进行旺盛的呼吸作用，消耗营养，从而使发芽率明显下降。种子收获过晚，一方面，若遇田间高温高湿气候，很容易使种子萌动生芽，导致发芽率降低；另一方面，种子水分高，没及时降水使种子衰老加快，发芽率下降，而且收获过晚错过最佳晾晒时期，在晾晒期易霉变，也会影响发芽率。
1.3种子收获后薄摊、翻晒不及时 繁育单位繁种数量大，由于受晒场、仓库等条件限制，又缺乏必要的烘干设备，加上水稻收获季节雨水较多，种子收获后没有及时薄摊、翻晒就入库，而此时的种子含水量普通较高导致谷堆闷种，谷壳发黑、发霉。此外，高温下在水泥质地晒场暴晒又不及时翻动，也会严重影响种子发芽率。
1.4机械损伤 有些种子谷壳薄或种子饱满后开裂，在收割脱落、精选加工时易脱壳成糙米。由于去掉了保护层，这些糙米一般难以发芽，即使能发芽也难以成苗（在秧田易烂掉）。
1.5种子入库时含水量偏高 由于把关不严，种子入库前未晒干或保管不善，种子在贮藏过程中容易受潮，使种子含水量明显高于质量标准（早稻13.5%、晚粳14.5%）。此时种子呼吸旺盛，一方面放出水汽，水汽放出后又重新被种子吸收，使种子变得更加潮湿；另一方面放出呼吸热，积聚在种子堆里，使种温逐渐升高，呼吸作用加强，造成种子局部发霉、生虫、发热、出汗、结露等现象，这是种子发芽率降低的主要原因。
1.6病虫害影响 若病虫为害严重，防治措施不及时，损伤了功能叶或运输通道，其相应的功能降低或丧失，就会致使种子胚发育受阻，胚乳贮存的营养不足，种子的饱满度不够，生活力低，即使能够发芽也柔弱多病，很难成苗。
2.提高水稻种子发芽率的措施
2.1选好品种，严把播种期 淘汰陈化率高的品种，尽量选择穗上不易发芽、抗倒伏、抗病虫害的品种。在栽培管理上，注意选用对口农药防治病虫；参照当地的气候条件适时播种，趋利避害，把种子灌浆成熟期安排在相对适宜的时期，保证种子充分成熟，提高种子成熟度。
2.2控制穗肥用量 增施多施穗肥，有利于提高千粒重，使籽粒饱满，发芽率高。但是，对于易开裂脱壳的品种应适当控制穗肥，以防谷壳开裂，在脱粒、翻晒、精选加工过程中脱壳成糙米。
2.3 添置烘干设备 雨水多的年份，必须添置必要的烘干设备，防患于未然。
2.4适时收获、晒干 一般水稻种子收获应掌握在黄熟期的后期，此时植株叶片大部分转黄色，仅上部还保持绿色，籽粒呈现品种固有的颜色，种子的内含物像蜡一样，稃壳呈现原品种固有颜色，此时水稻的干物质积累达到最大限度，水分最低。同时，要注意收听当地天气预报，遇不良天气要抢晴收割，并及时晒干。若繁育数量较多，面积较大，应使用烘干设备，以防湿种子堆积发热，造成芽谷。晴天要注意晒场的温度，及时翻晒，以防晒场过热直接影响种子活力。
2.5种子精选、安全贮藏 种子入库前必须测定含水量，然后进行精选加工处理，剔除瘪粒、破损粒、杂质及部分黑粉病粒，保证种子有较强的生命力和较高的潜在发芽率。入库后要及时进行密闭熏蒸，彻底清除病虫源。
2.6强化贮藏管理 水稻种子的贮藏保管环境对其发芽率有直接影响，保持低温、干燥、无虫害、无鼠害的环境是种子贮藏的总体原则。因此，种子在贮藏期间，种子的含水量应控制在13%以内，种温在20℃以下，并定期检查种温、水分、发芽率及虫害，发现异常情况及时采取补救措施，确保种子安全。
2.7科学浸种催芽 播前晒种，药剂浸种。根据气温变化控制好浸种时间，尽量选用麻织袋浸种催芽，按照“干长根，湿长芽”要求掌握湿度和温度。