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利用ＲＡＰＤ分子标记方法对我国４６个骨干玉米自交系进行了鉴定研究，结果表明，仅用Ａ６，Ｃ６，Ｄ２，Ｆ１０，Ｈ１９，Ｎ１９等６个引物的指纹组合即可将这４６个自交系相互区分开来，不需要针对每个自交系筛选特异性标记，克服了利用特异性标记鉴定玉米自交系的局限性；研究出基于ＷＩＮＤＯＷＳ９８操作平台的玉米ＤＮＡ指纹数据库和指纹分析软件，并且该数据库和分析软件对自交系的数量和引物数量都是开放性的。如果要区分开ｍ个自交系，最多只用ｎ个引物即可，二者的关系是：２＾ｎ≥ｍ。