版纳微型猪近交系BARD1基因克隆、mRNA表达及蛋白质功能生物信息学分析

来源 :吉林农业大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:haili20102010
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
BARD1基因在精子形成过程中起重要作用.以GenBank下载的牛、鼠BARD1基因序列以及猪EST序列克隆猪BARD1基因,设计特异引物克隆版纳微型猪近交系(BMI) BARD1基因.应用qPCR分析15个重要组织的mRNA表达谱,并对蛋白质序列进行功能生物信息学分析,构建多物种系统进化树.研究获得了BMI BARD1 2 334 bp的编码区序列(GenBank登录号KU705640,对应的氨基酸登录号AOC89058),编码777个氨基酸,蛋白质分子量(Mw)为86.15 ku,等电点(pI)为8.84.多组织荧光定量表达分析表明:BARD1基因在睾丸和尿道球腺中高表达,在肝脏、脾脏、肺、十二指肠、结肠中中度表达,在心脏、肾脏、胃脏、脑、肌肉、精囊腺、前列腺、附睾中低表达.功能生物信息学分析表明,BARD1蛋白质存在3个保守结构域,无跨膜结构,无信号肽序列;N末端疏水,C末端亲水;有6类功能活性位点,位于细胞核的概率是94.1%.系统进化分析表明,BMI与牛、羊的亲缘关系最近.“,”BARD1 gene plays an important role in the process of spermatogenesis.Referring to cattle BARD1 gene sequence and EST sequences of pig from GenBank,using silicon cloning strategy,we obtained pig BARD1 gene sequence.Subsequently we designed specific primers and amplified Banna mini-pig inbred line (BMI) BARD1 gene.qPCR was applied to analyze mRNA expression profiles of 15 important tissues.Protein sequence was used to carry out functional bioinformatics analysis and construct phylogenetic tree.A coding sequence of 2 334 bp (GenBank accession number:KU705640,the corresponding amino acid sequence accession number:AOC89058) of BMI BARD1 was obtained,which encodes a protein of 777 amino acids,molecular weight (Mw) 86.15 ku,and isoelectric point (pI) 8.84.Fluorescence quantitative expression analysis showed that BARD1 gene expressed highly in testis and antiprostate,moderately in liver,spleen,lung,duodenum and colon,weakly in heart,kidney,stomach,brain,muscle,seminal vesicle gland,prostate gland and epididymis.Functional bioinformatics analysis indicated that BARD1 protein contained three conserved domains,no transmembrane region,no signal peptide sequences,its N-terminal was hydrophobic while C-terminal was hydrophilic,it had six kinds of functionally active sites,with a percentage of 94.1 to be located in cell nucleus.Phylogenetic analysis demonstrated that BMI had the closest relationship with cattle and goat.
其他文献
期刊
期刊
利用GIS技术、图形建模技术、可视化技术、动画技术及数据库技术,结合Visual C++6.0和OpenGL,建立了煤矿数字工作面仿真系统。系统设计数据采集、数据库、模型库、仿真控制中心、可视化输出和自动化控制六个功能模块,建立了基于GIS煤矿数字工作面仿真系统结构及数据库框架。系统以皮带巷道、采煤工艺、通风设施为例,分析了物理模型及交互控制下的可视化输出实现过程。系统以采煤机摇臂自动调高为例,分
在经济繁荣发展的现代社会,智能建筑已经成为了十分常见的建筑类型之一.其中,智能建筑的节能环保工作对于生态环境的可持续发展有着十分重要的作用.而暖通空调是智能建筑中能
期刊
基于建筑结构监理的视角总结了众多项目施工的关键因素,其中施工原材料的保证和操作的规范化是监理工程师的工作重点.施工过程中必须保证好具体建筑结构操作过程中的钢筋工程
运行态软件处于开放复杂的白盒攻击环境中,面临严重的逆向分析安全问题.动态保护是为软件提供持久保护的新思想,而使软件具有全面的感知白盒攻击环境中攻击威胁的能力是探索
从2009年来到广东台山养虾,80后的浙江人孙习文遇到了台山最好养的几年,也经历了最差的几年。这几年里,多数台山养虾人起起落落,经历堪称波折,但他却能够始终如一,稳稳当当。养虾不
根据国产激光末制导炮弹武器系统的特点和工作原理,设计了新型激光末制导炮弹射击模拟训练系统的工作流程,实现了信息在各模拟子系统间的传输,分析了模拟系统中末制导炮弹对目标的命中条件,利用VR技术和硬件相结合的方法实现了对炮兵战场环境的侦察及弹丸对目标毁伤效果的模拟。部队使用表明该模拟系统能显著提高训练效果,节约大量训练经费。
房屋屋面漏水问题一直是建筑项目中的一个难题与质量通病,它不单单影响着建筑的使用寿命,更加关系着居住在建筑物里面的人民生命与财产安全.治理渗漏是项综合防治的长期工作,