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以福建省主要流域闽江、九龙江为研究案例，计算了流域上下游城市生态补偿的数额。基于社会公平的原则，提出计算流域生态补偿标准应以环境损益为基础，根据各区域水资源的权属比例和受益大小，合理分配各区域应承担的投入和应享受的收益比例，考虑区域经济发展水平的差异和流域生态保护的绩效，通过利益相关者之间的协商机制，以合约的方式确定。