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目的
分析明确上海市闵行区2013—2014年水痘突破性病例致病水痘-带状疱疹病毒流行株的基因特征。
方法采集闵行区2013—2014年水痘暴发点水痘罹患者水痘疱疹液，提取水痘病毒基因组DNA，对其ORF22和ORF62区域进行测序，并利用生物信息学方法对ORF22和ORF62序列特征进行分析。
结果上海市闵行区2013—2014年水痘暴发疫情中采集并测序成功的24份样本经分析表明均为野生型水痘病毒株，其中23株与亲本株(P-Oka)和疫苗株(V-Oka)同源性较高，推测为野生型J基因水痘病毒株，1株基因型介于M型和E型间，与mosaic(M)CA123株(M1)同源性更高，推测其可能为野生型M1基因水痘病毒株。
结论上海市闵行区流行的水痘病毒株主要为野生型J基因病毒株，也有M基因型和其他基因型局部流行。同为J基因型的不同野生型病毒株的基因间也存在一定变异。这些非疫苗保护基因型水痘病毒株的存在及流行可能是水痘突破病例产生的原因之一。