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针对传统关系型数据库在管理中医药数据时，存储和访问效率方面的瓶颈问题，提出了基于NosQL的中医药数据存储方法。根据中医药数据的实际特征设计了基于MongoDB的管理系统架构。实验结果表明，提出的系统架构与传统关系型数据库相比，记录的增加、删除以及查询操作的执行时间明显降低，尤其是针对海量的非结构化、半结构化数据，其性能优势更加明显。