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胚胎污染在体外受精一胚胎移植中发生率虽不高，但发生后常导致胚胎死亡，甚至危及整个培养体系，后果极为严重。体外受精的各个环节都有可能导致胚胎污染的发生，精液是污染的主要来源，其次为卵泡液和IVF培养体系及环境。细菌对精子的结构和功能都会造成不同程度的影响，由细菌释放的内毒素也对配子和胚胎有着明显的毒性效应，需要引起生殖医学临床医生和实验室人员的共同重视。严格的会阴部清洗后取精、单纯的普通上游法处理精液和使用含有微量抗生素的培养液处理精子、卵子均可有效去除其中的绝大部分细菌。