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科研管理是影响应用型本科农业院校科研发展的重要因素。在转型背景下，科研管理与应用型本科农业院校发展需求形成了突出矛盾。如何发挥应用性科技潜力，是科研管理工作面，临的主要问题。针对应用型本科农业院校科研管理工作中存在的问题进行分析，阐述了科研管理的理念、导向、制度等方面的改进，以适应新形式下科技工作的需要。