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目的探讨新农舍对农村医疗机构的影响，提出医疗机构和新农合制度可持续发展的对策建议。方法收集2003年、2006年镇安县县级医疗机构和乡镇卫生院服务效率和收支情况资料，进行对比分析。结果新农合的开展使医院门急诊的医疗服务量增加；县乡两级医疗机构住院服务量增加，但服务质量有待提高；医院收入增加，医疗收入增长较快；平均每诊疗人次医疗费增加显著。结论完善新农合管理机制；加强对县乡两级医疗机构的建设和监管，提高医疗服务质量；改变支付制度，控制医疗费用增长速度。