基于cFDR的缺血性卒中与低密度脂蛋白胆固醇关联SNPs的识别

• 作 者: 毛相杰 温书景 徐飞 高盼 张蔷 杨斌 周乾宇 王博 岳文娟
• 机 构: 郑州大学公共卫生学院社会医学与卫生事业管理学教研室,洛阳市石化医院内一科,河南省教育厅
• 出 处: 郑州大学学报:医学版
• 发表日期: 2019年2期
• 关键词: 遗传变异 缺血性卒中 低密度脂蛋白胆固醇 多效性位点 genetic variant ischemic stroke low-density lipoprote
• 基金项目: 河南省高等学校重点科研项目计划(19A330005),2017~2018学年“郑州大学研究生自主创新项目”.

目的:探索与缺血性卒中(IS)和低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)相关联的新的单核苷酸多态性位点(SNPs)及多效性位点。方法:基于IS和LDL-C的全基因组关联研究(GWAS)数据,运用条件错误发现率(c FDR)法计算IS和LDL-C相关SNPs的c FDR及conjunction c FDR值,分层Q-Q图评估两者间多效性基因富集,条件曼哈顿图定位关联SNPs在基因组中的位置信息,并对鉴定出的基因进行GO富集分析。结果与结论:分层Q-Q图显示IS与LDL-C之间具有较高程度的多效性基因富集;c FDR