【摘 要】
：
为了解美国大灵芝(Ganoderma oregonense)转录组中的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点信息,并为开发灵芝分子标记辅助育种技术奠定基础,将高通量转录组测序获得
【机 构】
：
四川省农业科学院植物保护研究所,成都,610066;四川省食品药品检验检测院,成都,611731;四川省农业科学院生物技术核技术研究所,成都,610061
论文部分内容阅读
为了解美国大灵芝(Ganoderma oregonense)转录组中的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点信息,并为开发灵芝分子标记辅助育种技术奠定基础,将高通量转录组测序获得的美国大灵芝转录组数据通过Trinity软件拼接组装,再利用MISA软件分析其SSR位点信息。随后采用Primer 3根据SSR位点设计特异性鉴别引物,并以灵芝DNA为模板,对其有效性进行验证。共获得65 064条单基因簇(unigene),在其中2 981条unigene中检测到3 380个符合软件参数的SSR位点,发生频率为5.19%,平均分布距离为12.60 kb。美国大灵芝转录组SSR位点总长度为52 168 bp,平均长度为15 bp。单核苷酸、三核苷酸是美国大灵芝转录组SSR的主要重复类型,分别占总SSR的35.33%和38.67%。SSR基元重复次数范围为5~73次,其中5次重复的发生次数最高。SSR重复基元共有98个类型,其中C/G是最常见的重复基元,比例为17.72%,其次是A/T,比例为17.60%。针对3 380个SSR位点设计出2 324对SSR引物,随机选择15对引物对3种灵芝栽培品种进行PCR扩增,10对引物可稳定扩增出条带,其中8对在3个灵芝栽培品种中表现出多态性。说明美国大灵芝转录组SSR位点多态性丰富,对灵芝的功能基因挖掘、分子标记辅助育种开发以及遗传多样性分析等具有重要意义。
其他文献
利用动态系统辨识方法,以控制棒扰动做为堆内已知反应性输入,实现了控制微分效率、温度系数等反应堆动态参数的热态估计,并在重水型研究反应堆(HWRR)上进行了实验研究。结果
为探究生物炭对烤烟几种常用农药残留的影响,通过田间试验研究土壤中添加外源生物炭对烟叶及土壤中顺式氯氰菊酯、甲霜灵和砜嘧磺隆3种农药残留的影响.结果 表明:施药后10 d,
本文介绍了在实验室中使用锎-252中子源(30μg)进行的瞬发中子活化分析结果。分别对Fe、Ca、S、Cl、Si、Al、Cu及Na等元素进行了定性和半定量分析,并估算了它们的判断极限及
我们设计加工了能装60片膜片的HIRFL束运线上的剥离器支架,达到了物理及机械设计要求,该剥离器支架腔体的真空度好于13.3μPa; 碳剥离膜上能够承受150kV的正高压,以补偿重离
在10MW重水反应堆水平孔道建成了液氮冷却单晶硅的高纯热中子束装置。在液氮温度下,热中子注量率是1.3×10~7、镉比30000。本文详细地描述了中子准直器的设计原理,并导出了计
本文介绍了低温供热反应堆启动的实验研究结果,描述了两相流稳定性对低温自然循环沸水反应堆启动的影响,提出沸水启动要经过压水启动和压水向沸水转换两个过程来实现。研究了
本文介绍了MZ-88脉冲中子测井系统的工作原理和方法。探头信号采用模拟传输方式,获取部分的NIM插件全部固定在防震机箱上,数据处理选用了IBM PC/XT微机,其中主要技术指标、信
腈菌唑(myclobutanil)被认为是防治三七黑斑病和圆斑病等病害应用前景较好的杀菌剂,但其在三七中残留检测和残留消解动态研究尚未见报道.为建立三七中腈菌唑残留检测和残留消
甲基对硫磷水解酶可生物降解有机磷农药,由于其特殊的应用价值,越来越受到人们的关注.来源于苍白杆菌的甲基对硫磷水解酶MPH-Och在毕赤酵母系统中不能有效地分泌表达.将热稳
本文介绍长液体闪烁体的灌装装置。该装置的建立,保证了快中子位置灵敏谱仪作快中子小角度弹性散射截面测量的长期稳定性。对其它类似研究工作也可提供必要的实验条件。
Thi