云南省剑川县鼠疫疫源地分离菌株基因组多态性

• 作 者: 石丽媛 丁奕博 张海鹏 郭英 段存娟 谭红丽 董珊珊 钟佑宏
• 机 构: 云南省地方病防治所
• 出 处: 中国人兽共患病学报
• 发表日期: 2020年1期
• 关键词: 鼠疫 剑川 多位点可变数目串联重复序列分析 plagueJianchuanmultiple-locus variable-number tandem repea
• 基金项目: 国家自然科学基金(No.81160354),云南省科技计划面上项目(No.2018FB030),徐建国院士工作站(No.2018IC155)

目的阐明云南剑川野鼠疫源地鼠疫菌种群的演化及其与云南省其他疫源地菌株之间的遗传进化关系。方法按不同时间、不同疫点、不同分离源,随机选取24株剑川分离鼠疫菌进行研究;采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)进行基因组多态性分析;以DFR+CRISPRs聚类分析划分簇,再以MLVA26对簇进行聚类分析。结果24株剑川菌株中,20株菌聚为一个簇(剑川野鼠鼠疫簇);2017年疫情分离3株菌位于丽江野鼠鼠疫簇,与丽江菌株(2017LZ)存在2