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医教协同推行使临床医学学术学位研究生教育面临生源质量下降、培养目标不明确及培养模式混淆、就业前景堪忧等问题。本研究通过分析医教协同后临床医学学术学位研究生教育面临的问题，提出吸引优秀临床医学本科生源、鼓励医学相关学科生源及具有工作经验的临床医生报考学术学位研究生；培养单位、导师及研究生需正确认识培养目标，保证研究生培养质量；就业指导工作应贯穿整个研究生学习阶段，学校应积极引导研究生形成正确的就业观、合理规划职业生涯等建议。