二酮酸化合物与HIV-1整合酶识别的分子模拟研究

• 作 者: 杜文义 胡建平 左柯 代田洋 刘嵬 梁立 苟小军
• 机 构: 药食同源植物资源开发四川省高校重点实验室
• 出 处: 中国抗生素杂志
• 发表日期: 2016年3期
• 关键词: 二酮酸类 HIV-1整合酶 分子对接 分子动力学模拟 自由能分解 Diketoacids HIV-1 Integrase Docking Molecular d

目的研究二酮酸类化合物（diketoacids，DKAs）与HIV-1整合酶（integrase，IN）的分子识别机制和二者复合物的构象变化，为预测同类化合物抑制活性提供理论支持。方法使用AutoDock程序包将10个二酮酸类化合物与整合酶进行了分子对接，得到一系列对接复合物模型。选取其中两个抑制活性有明显差异的复合物进行了15ns的分子动力学模拟，并从能量和氢键的角度分析了二者与HIV-1整合酶识别的关键残基。结果二者特异性识别主要依靠与DDE基序形成的氢键，结合在由1141～M154，W61-L63和