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根据近年来对玉环漩门二期蓄淡工程水体的水质监测资料分析，该水库水环境污染及富营养化状况问题严重，部分水质指标超标倍数达到数十倍，水库中的含盐量始终处于较高水平，物理指标不理想，总磷、氨氮等主要指标浓度也始终较高，据此，应加大库区水污染防治力度，完善水质监测站网，调整库区内产业结构，并实施河湖直接净化及生物一生态修复技术改善水质。