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水稻离体培养的体细胞胚（ＳＥ）与整体植株合子胚（ＺＥ）的蛋白质组分相似，约有１７条多队的分子量相同，其中６７～９１ｋＤ范围的多肽在非胚性愈伤组织（ＮＥ）中均很弱，３９、１７、６０ｋＤ多肽在ＮＥ中未发现。ＳＥ的游离氨基酸组成与ＺＥ也相似，占优势的氨基酸为Ａｓｐ，Ｇｌｕ，Ａｌａ，Ｌｙｓ，在分化后期Ａｒｇ含量也有提高，而在ＮＥ中这些内源氨基酸的含量均较低。此外，在两种类型的胚中都存在凝集素类的物质，而在无胚状体形成的ＮＥ中则未发现。