西瓜全基因组ClTCP转录因子的鉴定与表达分析

来源 :中国瓜菜 | 被引量 : 0次 | 上传用户:flapme
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  目的与意义: TCP蛋白是植物特有的一类转录因子,对植物的生长发育及形态建成起着重要的调控作用,比如:种子萌发、植株分枝、叶和花的发育等过程。西瓜是世界性的重要经济作物,栽培面积广阔,经济效益显著。但是关于西瓜TCP基因家族的研究至今还没有报道。本研究利用生物信息学分析,功能预测与验证等方法,揭示西瓜TCP家族的结构与表达特征,为西瓜TCP家族的功能分析奠定基础。
  材料与方法: 本研究利用生物信息学方法,基于西瓜全基因组数据库信息,首次对西瓜TCP转录因子家族成员进行鉴定与命名,并系统分析了其序列、分类、结构、进化、染色体位置、保守结构域,及通过时空表达分析预测各TCP亚家族的潜在功能。
  结果与分析: (1)获得27个TCP类型基因,分别命名为CITCPla—CITCP21。27个TCP基因广泛分布于西瓜的其中9条染色体上。所有TCP蛋白都含有一个由55或59个氨基酸组成的非典型的bHLH保守结构域,即TCP结构域。根据结构域差异及系统进化关系分析,可将西瓜TCP基因家族分为I类和11类2个亚家族,其中II類又可分为CYC/TBl和C1N 2个分支。(2)半定量RT-PCR结果表明TCP基因具有时空表达模式差异,27个基因在茎尖端分生组织均具有较高的表达量;大多数C1N类基因在种子、子叶和叶片中具有相对较高的表达量;大多数CYC/TBl型TCP基因在节间和茎尖端分生组织中的表达量较高;I类基因没有明显的组织表达特异性,可能参与了西瓜生长发育各个阶段的调控。(3)GA和CCC可以分别促进和抑制西瓜的植株高度,RT-qPCR结果发现ClTCPl4a和ClTCPl5基因表达受上述处理影响且与节间长度变化高度正相关。此外,拟南芥TCPl4和TCPl5基因的双突变引起株高降低,而在tcpl4 tcpl5双突变体中过量表达ClTCPl4a和ClTCPl5基因均可使突变体株高回复到野生型水平。并且在过表达植株中,GA生物合成相关基因K01和GA信号接收基因GIDla呈上调表达,与GA降解相关基因GA20x3呈下调表达。表明ClTCPl4a和ClTCPl5 2个基因可能是通过GA相关途径来正向调控植株高度。
  结
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