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公立医院的经济运行机制是目前公立医院存在的最大问题，长期以来计划经济体制下形成的公立医院补偿机制存在着严重缺陷，因此，必须尽快完善公立医院补偿机制。本文对现行公立医院补偿机制的缺陷进行了分析，提出了创新公立医院投入机制、积极稳妥地进行医疗收费价格改革、建立高效规范的公立医院经济运行机制、确定基本医疗服务的补偿标准等方面进一步完善公立医院补偿机制的对策。