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根据2004年三都湾生态监控区（近海部分）浮游动物的监测资料，分析了该海域浮游动物的种类组成和数量分布特征。经分析，鉴定出浮游动物139种及浮游幼体和幼虫54种（类），分5个生态类群，以暖水近岸类群为主。本海域主要优势种有：拟细浅室水母、中华哲水蚤、强额拟哲水蚤、刺尾纺锤水蚤、肥胖箭虫、短尾类潘状幼虫。该海域浮游动物种类数5月从北向南有下降的趋势；8月由北向南呈上升的趋势，各断面种类数有由近岸向外上升的趋势。5月份浮游动物平均生物量明显高于8月份。