苦荞种皮转录组SSR位点信息分析及其分子标记的开发

• 作 者: 贺润丽 尹桂芳 李春花 王莉花 马颖榆 王梦莹 阎仕豪
• 机 构: 山西中医药大学中药与食品工程学院,太原,030619;云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所,云南省农业生物技术重点实验室,农业部西南作物基因资源与种质创制重点实验室,昆明,650223
• 出 处: 分子植物育种
• 发表日期: 2020年18期
• 关键词: 苦荞 转录组 测序 SSR

为开发苦荞新的SSR标记,本研究利用MISA软件对苦荞种皮转录组测序数据进行SSR位点信息搜索,利用Primer 3设计引物并随机选择53对引物进行验证.结果 表明:苦荞种皮转录组数据库中共搜索到9094个SSR位点,其中,单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸重复类型占优势,占总SSR的63.99％、19.35％、15.49％;共发现70种重复基元,其中A/T、AT/AT、AAG/CTT基元是优势基元.设计合成的53对引物中,41对引物(77.36％)获得有效扩增,21对引物具有多态性.本研究从转录组序列中大规模开发的SSR分子标记将有助于苦荞遗传多样性与分子育种研究.