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与青贮过程有关的微生物包括有益菌（单纯乳酸菌）、有害菌（如梭状芽孢杆菌）、不必要的酵母和霉菌。在一个好的青贮窖里，空气（氧气）可以通过植株的呼吸作用和压实来排除，这样就抑制了有害需氧菌、酵母以及霉菌的生长。当空气从青贮窖内排净时，产酸就开始了，低的pH值最终可抑制所有细菌的生长。青贮早期有限的产热是有益的，因为这表明细菌已经开始发酵。产热时间延长则说明青贮饲料堆里有太多的空气。过多的产热可导致产生热损坏蛋白、低的能量及干物质回收利用率。青贮窖不能永久密封，有的大窖打开利用期长达1年多，有很大的割面暴露在外接触氧气。如何保证在有氧的情况下不腐烂是青贮饲料管理中的一个重要问题。