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南京航空航天大学生物医学光子学实验室成立于2004年,挂靠自动化学院生物医学工程系、江苏省生物医学工程学会生物医学光子学专业委员会和江苏省数字化医疗装备与技术重点实验室。多年来与东南大学中大医院神经外科、南京军区总医院医学影像科、中国药科大学以及其他国内外光子学实验室建立了广泛的科技合作联系．现已形成稳定的学术梯队和科研方向。