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通过对教育部部属76所高校2003-2010年的收支数据和基本情况的横截面数据和面板数据进行分析,以论文发表数作为高校科研产出的主要指标进行研究,结果显示,当前在高等学校中,倾向于目标管理的横向科研经费以及专项经费拨款更能促进高校的科研产出；过程管理较多的纵向科研拨款对高校的科研产出没有显著的促进作用.