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目的：比较伊托必利、多潘立酮在功能性消化不良患者治疗中的应用效果。方法：以我院2018年1月到2020年12月收诊的100例功能性消化不良患者为研究对象，随机分为观察组和对照组，对比两组患者治疗效果。结果：两组患者治疗有效率比较，观察组患者治疗有效率更高，差异具有统计学意义，（P＜0.05）；两组患者症状积分评估结果情况，观察组患者治疗后评分更低，差异具有统计学意义，（P＜0.05）；两组患者不良反应发生率比较，观察组不良反应率更低，差异具有统计学意义，（P＜0.05）。结论：伊托必利、多潘立酮在功能性消化不良患者治疗运用，伊托必利运用后治疗有效率高，不良反应发生率比较低，患者症状积分评估评分降低，说明伊托必利药物治疗的安全性和有效性比较高，适合推广应用。