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为查明日本岛屿山茶种群的生存状况及了解岛屿隔离对山茶种群遗传结构的影响，采用ISSR分子标记，利用筛选的20条引物对日本5个山茶（Camellia japonica）种群的遗传结构进行分析。结果表明：山茶种群的多态位点百分比（PPB）为70．29％，Nei’s基因多样性指数（HE）为0．2819，Shannon信息多态性指数（H）为0．4095，与其它岛屿种群相比遗传多样性水平较高，表明山茶种群的生存状况较好。基因分化系数Gst=0．2057，种群间具有较高的遗传分化；地理距离与遗传距离具有显著相关性（r