【摘 要】
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基因数据双聚类是基因表达数据矩阵中具有相近的表达水平的子矩阵,其中的行和列分别代表基因子集和条件子集。双聚类算法则是在基因数据矩阵的行和列2个方向上同时聚类以找出
【机 构】
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南京理工大学紫金学院计算机系; 南京师范大学计算机科学与技术学院;
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基因数据双聚类是基因表达数据矩阵中具有相近的表达水平的子矩阵,其中的行和列分别代表基因子集和条件子集。双聚类算法则是在基因数据矩阵的行和列2个方向上同时聚类以找出这样的子矩阵。本文提出基于模拟退火与粒子群优化的混合优化算法,避免单纯模拟退火法中的概率突跳性缺点。我们算法采用自底向上的搜索策略,首先生成双聚类种子,然后采用混合优化算法添加种子的行和列,找出最优聚类结果。在酵母细胞基因数据集的实验中,我们双聚类的各项指标能够达到高质量结构,验证了本文方法的有效性。
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