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[目的]建立和优化芸香科药用植物的品种的ISSR反应体系,为芸香科药用植物的资源评价、品种鉴定提供依据。[方法]以象头山芸香科植物柚、山油柑、箭檬3个品种为研究对象,从DNA提取、退火温度、循环次数、引物筛选等方面研究]SSR反应及优化条件。[结果]选用的20个引物中有3种引物扩增效果较好,以柚为代表的优化结果表明,引物826对芸香科植物扩增的最适退火温度为52.0℃,最佳循环次数为35个循环。[结论]ISSR适合于芸香科药用植物的品种的鉴定。