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功能标记是来源于控制生物表型的序列或序列模体.与基因组中随机DNA序列开发出来的匿名性DNA标记相比,功能标记具有多方面的优点,从而使其成为小麦中标记辅助育种的理想工具.主要从功能标记的特点、功能标记在小麦育种上的应用及小麦功能标记的开发三个方面进行了阐述.功能基因组学和比较基因组学的发展和研究深入,为功能标记的开发提供了坚实的基础.