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21世纪初，我国在部分农业科研单位进行了科技体制改革的试点工作，像任何一次改革一样，此次改革有推动科技事业发展的正作用，同时也存在一些影响稳定和发展的遗留问题。文章列举和分析了遗留问题的种类、产生的原因及其影响，提出了以改革的办法解决改革遗留问题及创新政策、平衡资产、股权改造的宏观政策措施，并从促进科技企业稳定发展的视角，探索了调节分配、企业重组、科技支撑的管理创新思路。