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水产动物病原菌广泛分布于近海,不但影响海水养殖业的发展、海产品的质量安全,甚至还威胁到人类公众健康,因此,开展近海水域病原菌多样性的研究,对于海水养殖业的可持续发展及人类健康都具有重要意义。文章综述了近海水域水产动物病原菌多样性研究主要方法的原理、特点以及局限性,介绍了16S rRNA序列分析、分子杂交、指纹图谱等分子生物学技术,阐述了实时荧光定量PCR、竞争定量PCR等定量研究技术的应用,展望了病原菌多样性研究的发展趋势是原位、快速、高通量、灵敏、多技术联合和准确定量。