【摘 要】
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首先对NCBI数据库下载获得的2 204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1 658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1 111个SSR,
【机 构】
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河南科技大学农学院,河南科技大学林学院,中国洛阳国家牡丹基因库
【基金项目】
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国家自然科学基金项目（NSFC31070620）, 河南省高校科技创新人才支持计划项目（2010HASTTT002）, 河南省重点科技攻关项目（092102110024）, 河南省高等学校青年骨干教师资助计划（2010GGJS-072）
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首先对NCBI数据库下载获得的2 204条牡丹EST序列进行比对,去冗余后得到1 658条牡丹EST序列,然后利用MISA软件对这些序列进行筛查,结果在其中901条EST序列中发掘出1 111个SSR,出现频率为67.00%,平均每1 004 bp出现1个SSR。在牡丹EST–SSR中,单核苷酸重复是最主要的重复类型（89.38%）,其次是二核苷酸重复（6.67%）和三核苷酸重复（3.78%）,四核苷酸重复和六核苷酸重复分布极少,没有五核苷酸重复。A/T是优势重复基元,占微卫星总数的87.76%。牡丹ES
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