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南美白对虾肝肠孢虫病是由一种微孢子虫寄生引起的,该孢子虫很小,一般长2~10微米、宽1.5~4.2微米,先感染对虾肠道表皮,进而感染肝胰腺,寄生在虾肝胰腺管上皮细胞中,肉眼和光学显微镜很难发现,用PCR等技术才能确诊。南美白对虾肝肠孢虫病靠水平传播,即经口传播。肝肠孢子虫的生活史简单,周期短,整个过程为5~11天.