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从辣椒基因组的75个SSR标记中筛选出15个多态性较好的标记，用于构建12个辣椒杂交种的数字化指纹图谱。在构建指纹图谱的基础上，用每个标记的指纹数据分别作聚类分析，结果表明：标记Hpmsl-69和Hpms2．281的鉴别能力较强。再用标记Hpmsl石9和Hpms2—281的指纹数据分别与其他标记的指纹数据进行三标记组合，进行聚类分析，结果表明：约30％的三标记组合能鉴别参试杂交种，其中又以标记组合Hpmsl-69＋Hpms2-281＋CA514272和Hpmsl．69＋Hpms2—281＋BM61461为