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后六九铜钼矿床位于大兴安岭东坡矿带与西乌旗矿带的交汇处,矿带交汇处的成矿作用强烈而集中,特别是燕山晚期的成矿作用.矿体呈脉状、透镜状产于燕山晚期的小侵入体中,赋矿围岩为蚀变的花岗闪长岩、花岗斑岩.围岩蚀变发育,硅化、绢云母化、伊利石-水白云母化、钾长石化与矿化关系密切.根据矿床地质特征及同位素特征分析,认为矿床是与燕山晚期侵入岩有关的中高温斑岩型矿床,具有中-大型远景规模.