肠道EV71病毒感染与SCARB2受体结合miRNA生物信息学预测分析

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目的 应用生物信息学相关软件和技术预测分析靶向结合细胞表面肠道71型病毒(enterovirus 71,EV71)受体溶酶体整合膜蛋白2型(lysosomal integral membrane protein 2,SCARB2)的miRNA分子,为探索miRNA分子在EV71感染宿主细胞的机制研究提供理论基础.方法 应用生物信息学网站软件miRWalk 2.0首先预测分析靶向结合于SCARB2的miRNA,对得到的miRNA进行验证评价,然后在GEO数据库中查找相关的miRNA差异表达芯片数据进行分析,寻找差异表达较高有意义的miRNA分子.结果 通过预测分析能够与靶基因SCARB2结合的miRNA153个,同时运用R语言对在GEO数据库中检索到的芯片表达矩阵数据进行差异分析,得到1 246个差异表达miRNA分子.其中与预测到的153个miRNA交集得到79个,上调的15个,miR-1827上调最显著;下调的10个,miR-182-5p和miR-125a-5p下调最显著,与靶基因的结合特异性也很好.结论 miR-1827、miR-182-5p和miR-125a-5p能够特异性结合靶基因EV71病毒受体SCARB2,并且在EV71感染前后表达差异显著,可为临床提供诊疗依据.
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