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以芍药品种‘粉玉奴’与‘粉中楼’的杂交种子为试材，通过对影响cDNA-AFLP反应的重要因素进行优化，建立了适合于芍药种子的cDNA-AFLP分析体系，并对打破上胚轴与下胚轴休眠前后的种子基因表达差异进行了初步分析。结果表明：使用RNAprep Pure植物总RNA提取试剂盒提取的RNA较完整。