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对HIV-1蛋白酶与抑制剂2AH和4AH结合的两个复合物体系进行了水溶液环境下量子力学分子力学混合方法（hybridQM／MM）的1ns分子动力学模拟，用MM-GBSA方法得到桥接水分子W301与HIV-1蛋白酶和抑制剂结合体的结合自由能分别为-24．93kJ／mol和-20．29kJ／mol，表明W301在抑制剂和HIV-1蛋白酶结合的过程中起到了不能被忽略的作用。