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棉花品种澡遗传多样性的评价和遗传图谱构建都需要大量多态性的SSR标记。本研究通过构建棉花参比种质（panel），高效快速地筛选出棉花多态性核心引物。本实验选用12份表型性状和遗传差异较大的棉花种质作为参比种质，对来自Cotton Microsatellite Database（CMD）网站上（http：//www．cottonssr．org）的5，914对棉花SSR引物进行了PCR扩增。结果表明：在不同棉种间多态性的引物有4，800对，约占有效扩增引物（5，300对）的90．6％；能区分不同品种间差异的引