凡纳滨对虾SNP标记开发与家系亲缘关系验证分析

• 作 者: 刘峻宇 刘均辉 孔杰 代平 于洋 孟宪红 罗坤 曹宝祥 陈宝
• 机 构: 江苏海洋大学海洋生命与水产学院,中国水产科学研究院黄海水产研究所,中国科学院海洋研究所
• 出 处: 渔业科学进展
• 发表日期: 2021年1期
• 关键词: 家系 SNP标记 遗传多样性 聚类分析 亲子鉴定 Family SNP markers Genetic diversity Cluster analysis P
• 基金项目: 国家重点研发计划(2018YFD0901301),山东省农业良种工程(2017LZN011),农业农村部农业国际合作交流项目-热带国家水产养殖科技创新合作,湛江市水产良种体系建设项目(zj002)共同资助

本研究基于转录组序列开发了37个SNP标记,并对22个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)家系进行了遗传多样性、家系聚类和亲子鉴定分析,探讨SNP标记在对虾家系选择育种中的应用途径。结果显示,37个SNP位点在凡纳滨对虾22个家系中的平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为0.38和0.34;平均多态信息含量(PIC)为0.30,属于中度多态性(0.25<PIC<0.5)。对家系进行遗传距离计算和聚类分析,半同胞家系F11和F17间的遗传距离最小(0.04),最先