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以水沙科学与水利水电工程国家重点实验室为例,介绍了在分配使用和管理国家重点实验室专项经费过程中,通过凝练学科方向、组织学科队伍和搭建学科平台3方面促进重点实验室在学科方面的建设和发展;通过规范化、专业化和信息化的管理来加强和提升对专项经费的使用效益。经过近2年的实践,积累了经验,取得了初步的成效。专项经费保障了重点实验室的正常运转,推动了重点实验室的持续发展和不断创新。