论文部分内容阅读
目的 分析2014-2018年广西柳州市丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)的基因型分布和HCV 1b亚型NS5B区的序列特征.方法 收集慢性丙型病毒性肝炎患者血清,提取HCV RNA,反转录后用巢式PCR扩增NS5B区序列,测序后构建进化树分析HCV基因型和基因亲缘关系.用聚类分析法对比HCV 1b本地群、非本地群和参照株NS5B区基因和蛋白序列的差异.结果 广西柳州市HCV流行的基因型包括1a、1b、2a/c、3a、3b、6a、6c/d和未分型(NT),分别占3.39％、43.01％、0.42％、13.98％、6.99％、28.81％、3.18％和0.21％;HCV 1b亚型中61.6％的病毒与各参照株进化距离均较远,其比例在2014-2018年分别占HCV 1b亚型的69.8％、78.6％、43.3％、47.6％和59.6％;该群HCV的NS5B基因有15个经常性突变位点,可导致NS5B蛋白I2682V和S2755N发生经常性变异.结论 广西柳州市HCV流行的主导基因型依次为1b、6a和3a;HCV 1b亚型中的大部分属于本地亲缘性群,该群HCV的NS5B蛋白存在特征性的变异位点并可能影响直接抗病毒药的作用.