克山病患者外周血miRNA表达差异及其机制探讨

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目的

了解克山病(KD)患者与健康人群外周血微小RNA(miRNA,miR)差异性表达情况及生物信息学特征,探讨KD的发病机制。

方法

在山东省五莲县KD重病区选择10例慢型KD患者作为KD组,同时在山东省东昌府区非KD病区选择10例健康人群作为对照组。采集肘静脉血,分离血浆,应用转录组测序技术(RNA-seq)构建KD组和对照组的差异miRNA表达谱,利用Starbase、miRTarBase、miRDB及TargetScan数据库进行筛选,将数据库中共有的mRNA定义为该miRNA的靶基因,对靶基因进行基因本体功能(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。

结果

将KD组的miRNA表达谱与对照组进行差异表达分析,共筛选出132个差异表达的miRNA,其中上调的有90个,下调的有42个;通过Starbase、miRTarBase、miRDB及TargetScan数据库继续筛选获得了53个miRNA,共靶向737个mRNA。GO分析显示,差异表达基因主要参与Ras蛋白的信号转导、跨膜转运、细胞周期调控及细胞黏附等生物学过程;KEGG通路分析显示,差异表达基因主要参与病毒感染、内吞作用、粘着斑、肌动蛋白调节等通路。

结论

应用RNA-seq技术成功获得KD患者与健康人群的miRNA差异表达谱,并筛选出可能与KD相关的通路及基因。

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