基于银鲳RNA－seq数据中SR标记的信息分析

• 作 者: 刘磊 彭士明 高权新 张晨捷 施兆鸿
• 机 构: 中国水产科学研究院东海水产研究所,上海海洋大学水产与生命学院
• 出 处: 安徽农业科学
• 发表日期: 2016年28期
• 关键词: 银鲳 转录组测序 SSR标记 Pampus argenteus RNA-seq SSR marker
• 基金项目: 中央级公益性科研院所基本科研业务费项目（东2014202-3）,国家科技支撑项目（2011BAD13801）.

[目的]开发银鲳分子标记技术。[方法]通过对银鲳（Pampus argenteus）进行高通量转录组测序（RNA－seq ）获得银鲳转录组原始试验数据，经过拼接后，获得3715603条unigene序列。采用生物信息学分析软件MISA对所有unigene进行简单重复序列（ simple se-quence repeat，SSR）位点鉴定。同时，利用软件对银鲳转录组SSR的多态性进行评价。[结果]银鲳转录组水平上，共鉴定出107007个SSR位点，分布在97289条unigene中，发生频率为2．62％，S