海带雄配子体抑制消减cDNA文库的生物信息学分析

• 作 者: 陆广琴 欧阳珑玲 周志刚
• 机 构: 上海海洋大学农业部水产种质资源与养殖生态重点开放实验室
• 出 处: 中国水产科学
• 发表日期: 2009年2期
• 关键词: 海带 配子体 抑制消减杂交 CDNA 基因表达 Laminaria japonica Aresch. gametophyte SSH cDNA gene exp

对海带（Laminaria japonica Aresch）.雄配子体抑制消减cDNA文库进行生物信息学分析,并通过Northern印迹杂交进一步验证了雄配子体2个优先表达的基因。结果表明,（1）由627个克隆产生的618条高质量cDNA可聚类成187条非冗余序列（NRS）;其中93条Contig由524条cDNA拼接而成,剩下的94条为Singleton（只有单条cDNA）,冗余率达69.74%。（2）5条NRS因与rRNA基因相匹配而不进行分析;60条NRS与GenBank中注释蛋白基因显著匹配;12