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通过对南通市2006--2015年近岸海域功能区生物环境状况监测和分析，功能区海水基本处于贫至中营养状态，营养指数呈先降后稳再升的变化趋势。底栖生物物种较少，多样性指数波动中呈轻微下降趋势。浮游生物中，浮游植物多样性指数较为稳定，浮游动物年度间波动起伏差异较大。从优势种来看，优势比例明显，浮游植物以硅藻门为主，中肋骨条藻作为主要优势种占据多年；浮游动物以浮游甲壳动物为主，真刺唇角水蚤等河口半咸水种和近岸低盐物种较多，应引起重视。