【摘 要】
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目的肺表面活性蛋白B(pulmonary surfactant-associated protein B,SFTPB)作为一种重要的特异性蛋白,其有关肺癌预后的研究正逐渐受到关注。本研究拟采用生物信息学方法分析S
【机 构】
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华中科技大学同济医学院公共卫生学院; 华中科技大学同济医学院临床学院; 华中科技大学同济医学院附属协和医院呼吸与危重症医学科;
【基金项目】
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国家青年科学基金(81800094);华中科技大学技术创新基金(2018JYCXJJ017);华中科技大学研究生创新创业基金(5003530053)
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目的肺表面活性蛋白B(pulmonary surfactant-associated protein B,SFTPB)作为一种重要的特异性蛋白,其有关肺癌预后的研究正逐渐受到关注。本研究拟采用生物信息学方法分析SFTPB结构并预测其功能,以期为肺癌诊疗提供思路。方法采用Expasy服务器工具分析SFTPB蛋白理化性质;采用ScanProsite分析SFTPB功能结构域;NCBI分析SFTPB保守结构域;STRING预测SFTPB与其他蛋白质交互作用;Jpred 4预测其二级结构;Swiss-Mode预测其三级结构,并用PDBsum中拉氏图进行结构模型评价。结果 SFTPB蛋白由381个氨基酸组成,等电点为5.27,不稳定指数为58.32,脂肪系数为96.51。二级结构预测发现14个α-螺旋(占51.7%),1个β-折叠。三级结构预测拉氏图分析落在最大允许区域内的氨基酸残基占95.6%,相似波形图得分均值>0.6,表明预测模型B结构较稳定。SFTPB亚细胞定位主要位于细胞外、细胞核和内质网,主要有两类功能结构域(共8个),为鞘脂激活蛋白A(sphingolipid activator protein A,SAP-A)和SAP-B。蛋白质互作发现其可能与CTSH、CSF2RA和NAPSA等蛋白存在交互关系。结论 SFTPB蛋白是一种以α-螺旋为主的不稳定亲脂性蛋白,由肺泡细胞分泌,主要作用于细胞外,可稳定肺泡表面张力,对防止肺损伤有重要作用,可能有助于肺癌诊疗。
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